Na codzień używamy tego pojęcia intuicyjnie.Encyklopedia określa tym mianem substancje organiczne wytwarzane przez drobnoustroje, rośliny i zwierzęta, które szkodzą zdrowiu człowieka. Toksykologia, czyli nauka akademicka, która swym zainteresowaniem zajmuje się również i te zagadnienia dzieli toksyny:

- pod względem ich toksyczności, czyli jakie choroby indukują

- pod względem mutagenności - czy te toksyny prowadzą do mutacji genów

- pod względem alergenności - czy wywołują alergie

- pod względem karcerogenności - czy powodują powstawanie nowotworów

- czy wpływają na zdrowie płodu, jego rozwój i poronienia

To takie praktyczne podejście, bowiem badania te są skierowane niejako "pod potrzeby" medycyny praktycznej" , czyli diagnostyki. To zapotrzebowanie diagnostyki zadowala również inny podział toksyn według organów, które one atakują. I tak wymienia się m. in.:

- hemotoksyny, czyli toksyny, które atakują komórki krwi,

- neurotoksyny, czyli toksyny komórek nerwowych,

- hepatotoksyny , czyli toksyny obecne w wątrobie, itd

Na szczególną uwagę zasługują mykotoksyny, czyli wytwarzane przez grzyby a szczególnie pleśnie - ze względu na szczególnie częste występowanie nie tylko przy problemach żołądkowo-jelitowych.

Medycyna detoksykacyjna postrzega toksyny nieco inaczej. Nie znaczy to wcale, że kwestionuje lub odcina się od  podziałów i wiedzy wnoszonej przez naukę. Traktuje jednak pacjenta całościowo tzn. holistycznie. Paradygmatem medycyny detoksykacyjnej jest idea, że podstawą wszystkich problemów zdrowotnych są toksyny. Zakłada również, że organizm posiada sprawny mechanizm samoobrony, zaś usuniecie toksyny z organizmu spowoduje jego samouleczenie. Ten mechanizm samoobrony może być osłabiony lub zakłócony przez szereg czynników toksycznych. Zadaniem medycyny detoksykacyjnej jest rozpoznać te czynniki i próbować je usunąć.

Medycyna detoksykacyjna dzieli toksyny następująco:

 - to grupa "poprogramów" ukrytych i zapamiętanych w podświadomości człowieka, które powstały w skutek traumatycznych przeżyć zarówno po porodzie, jak i w życiu łonowym a nawet przed poczęciem (nabyte od matki lub dalszych przodków, których spotkał szok emocjonalny). Rozróżnia się dwa rodzaje tych toksyn: psychocysty i toksyny miazmatyczne.

- to grupa szkodliwych substancji, które powstają w układzie pokarmowym skutkiem jego wadliwego działania lub w skutek obecności w pożywieniu składników, które nie są rozkładane. 

- Grupa obejmuje szkodliwe substancje chemiczne obecne np w papierosach, używkach oraz metale ciężkie, jak rtęć, aluminium, arsen, kadm

- To bardzo szeroka grupa toksyn mikrobiologicznych. Obejmuje wirusy, bakterie, grzyby, pasożyty

- Oddzielną podgrupą toksyn mikrobiologicznych są ogniska mikrobiologiczne. Niektóre mikroorganizmy posiadają niezwykłe zdolności budowania i ukrywania się w otorbionych cystach. Mogą występować zarówno w formie uwolnionej, jak i otorbionej, czyli w ogniskach lub inaczej cystach mikrobiologicznych.Tam są niedostępne dla układu immunologicznego. Często również zmieniają kształt i postać białek w powłokach. W sytuacjach kryzysowych takie cysty ulegają rozbiciu a zawartość uwolniona powoduje silną reemisję infekcji.